Pada Tahun 1893 Pastor van Santen SJ membuka dan memberkati St. Joseph Stichting di Kwini yang menampung 29 anak laki-laki, yang sampai saat itu dititipkan oleh Vincentius kepada beberapa keluarga Katolik setempat. Rumah dan pola hidup berlangsung sederhana karena umat sendiri miskin. Banyak anak-anak yang membutuhkan uluran tangan dan tempat berlindung.Pada tahun 1910 sebidang tanah luas di Jl. Kramat Raya 134 dibeli oleh Vincentius untuk membangun rumah penampungan anak-anak. Disusul lima tahun kemudian dibuat bangunan yang lebih modern yang dirancang dan dibangun oleh Firma Hulswit-Fermon-Cuypers yang merancang dan mendirikan banyak gedung untuk Gereja. Bangunan baru itu menjadi asrama anak laki-laki, anak perempuan dipindahkan dari Jl. Pos bersama dengan delapan suster Ursulin ke Kramat dan tinggal di bagian belakang.
Pada tahun1920-an dan 1930-an jumlah anak naik terus. Selain mencari dana yang memadai, sangat sulit untuk memperoleh dan membiayai pegawai yang pandai mendidik dan mengawasi anak-anak. Mula-mula diajak bekas tentara yang sudah pensiun. Untunglah, pada tahun 1929 Pater-Pater Fransiskan (OFM) tiba dan tugas para Pastor Jesuit di Rumah Vincentius (bagian Putera) diserahkan kepada Ordo Fransiskan (OFM).
Selama kurun waktu tahun 1942-1943 (masa penjajahan Jepang) para Pastor, Bruder maupun Suster masuk kamp-kamp tahanan, sedangkan rumah-rumah Panti Asuhan digunakan sebagai markas oleh serdadu Jepang sementara sebagian anak asuh ditampung di Susteran Jl. Nusantara, Jl. Pos dan dan rumah yatim-piatu Prapatan di Jl. Veteran. Rumah Vincentius digunakan oleh Romusha yang menunggu pemberangkatan.
Selama perang, Batavia's Vereeniging sangat didukung oleh ketabahan Mgr. Willekens dalam menghadapi tentara Jepang dan kelihaian Tuan Helfrich yang mengumpulkan derma berharga murah, memperoleh pembantu-pembantu sederhana namun berdedikasi dan memikirkan kesibukan bagi 204 anak laki-laki serta 193 anak perempuan.
Pater van der Veldt OFM kembali ke Kramat dan menemukan Tuan Helfrich dengan 224 anak. Rehabilitasi Gedung dimulai, banyak masalah dihadapi: dari segi materiil gedung-gedung harus diperbaiki, dana untuk makanan, pakaian dan kesehatan anak-anak (banyak anak mengidap TBC).
Sampai pada masa akhir pemerintah kolonial, mayoritas adalah anak Indo (sesuai tujuan para pendiri yayasan Vincentius pada pertengahan abad ke-19). Kebijakan itu diubah pada 26 Februari 1946: anak semua suku bangsa yang perlu dan dapat dibantu, diterima; dominasi anak Indo tiada lagi.
Berikut nama-nama Pimpinan Panti Asuhan Vincentius Putera yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
Tahun 1893 – 1929 :P. van Santen SJ dan Pastor SJ lainnya
Tahun 1929 – 1934 :P. Pascalis Heitkoning OFM
Tahun 1934 – 1937 :P.
Laurentius Teepe OFM
Tahun 1937 – 1946 :P.
Adam v.d.Veldt OFM
Tahun 1946 – 1949 :P. Bernuf Schijder OFM
Tahun 1949 – 1965 :P.C.J.v.d. Berg OFM
Tahun 1965 – 1970 :P.H.v.d. Hoogen OFM
Maret s.d. Agustus 1970 :Br. Maxentius W. Slippens OFM
Tahun 1970 –1982 :Br. Winand Divendal OFM
Tahun 1982 – 1984 :P. Ferdinand J.Sahadun OFM
Tahun 1984 – 1994 :P. Aloysius Ombos OFM
Tahun 1994 :Mgr. Michael C.Angkur OFM
Tahun 1994 – 1998 :P. Alphons S.Suhardi OFM
Tahun 1998 –2004 :P. Urbanus K.Ratu OFM
Tahun 2004 – 2006 :P. Subagi OFM
Tahun 2006 –2011 :P. Gabriel Maing OFM
Tahun 2011 –Sekarang :P.Y.D. Dedie Kurniadi OFM
panti ini juga bernaung kepada Perhimpunan Vincentius Jakarta yg juga memegang 3 panti lainnya seperti : Desa putra,Vincentius putri, dan Pondok si Boncel jadi total panti yg bernaung di bawah Perhimpunan Vincentius Jakarta ada 4 panti. dan PVJ juga mempunyai sejarah yg panjang dan inilah sejarahnya :
Perhimpunan Vincentius Jakarta didirikan pada tanggal 29 Agustus 1855 dengan nama Dana Bantuan Santo Vincentius a Paulo di Batavia (pada tahun 1909 diubah menjadi Batavia's Vereeniging) oleh beberapa orang Katolik seperti Mgr. PM. Vrancken (Vikaris Apostolik Djakarta), Pastor Van der Grinten (Notaris JR. Klein, PA Toillez dan E. Van Polanen Petel). Notaris J.R. Kleijn yang menyiapkan akta pendirian dan memperoleh pengakuan dari pemerintah (1856), menjadi presiden pertama (1856-1859). Tujuan utama saat itu adalah membantu anak-anak keturunan Belanda (Indo-Eropa) yang menjadi masalah sosial di masyarakat. Usaha sosial ini awalnya lebih bersifat home-care, karena Perhimpunan Vincentius Jakarta belum memiliki rumah.
Pada bulan April 1862 barulah diperoleh sebuah rumah sewa di Bazaar Baroe (sekarang Pasar Baru) yang hanya mampu menampung sekitar 25 anak puteri. Pada bulan April 1864 karena kekurangan biaya, masa sewa rumah tersebut tidak dapat diperpanjang. Syukurlah para Suster Ursulin bersedia menampung mereka di Biara Ursulin. Akhirnya pada tahun 1885 didirikan rumah khusus di Jalan Pos untuk menampung anak-anak itu. Bulan Nopember 1893 diperoleh rumah di Gang Kurni (sekarang jalan Kwini), yang menampung 29 anak putera yang diasuh oleh para Pastor Jesuit (SJ).
Baru pada tahun 1910 sebuah rumah bisa dibangun di Jalan Kramat Raya No.134 Jakarta. Inilah permulaan berdirinya Kompleks Kramat Raya seperti sekarang ini. Maka mulailah anak-anak puteri maupun anak-anak putera dari kedua rumah terdahulu menempati rumah milik sendiri. Para Suster Ursulin yang telah mengurus mereka selama 46 tahun, ikut pindah ke Kramat Raya. Sesudah itu jumlah anak-anak bertambah terus.
Tahun 1929 tugas para Pastor Jesuit dalam hal pendidikan anak-anak putera dialihkan kepada para Pastor Fransiskan (OFM) hingga sekarang. Bulan Oktober 1939, setelah berkarya di Kramat selama 28 tahun, para Suster Ursulin akhirnya pindah ke Bidaracina. 300 anak puteri bersama dengan 12 suster pindah dari kompleks Kramat ke rumah baru di Jalan Otto Iskandardinata 76, yang kini dikenal dengan nama Panti Asuhan Vincentius Puteri. Sedangkan anak putera tetap menempati kompleks Kramat, kini disebut Panti Asuhan Vincentius Putera.
Tahun 1942-1945 keadaan menjadi kacau karena dalam masa penjajahan Jepang, para Pimpinan Panti, baik Pastor, Bruder maupun Suster Belanda masuk ke kamp-kamp tahanan. Sedangkan perumahannya digunakan oleh serdadu Jepang sebagai markas. Sementara anak-anak asuh dititipkan di Biara Ursulin dan diasuh oleh Suster-Suster Ursulin.
Atas permintaan Pemerintah Indonesia, pada tanggal 30 Juni 1947 Perhimpunan Vincentius Jakarta mendirikan Panti Asuhan Desa Putera. Tujuannya untuk menampung anak-anak terlantar dan anak-anak gelandangan korban perang kemerdekaan. Panti ini dipercayakan kepada Bruder Budi Mulia (BM) dan menempati rumah di kompleks Srengseng Sawah, Pasar Minggu.
Batavia's Vincentius Vereeniging secara resmi diubah menjadi Perhimpunan Vincentius Jakarta pada tanggal 31 Maret 1950. Sejak itu Panti Asuhan Vincentius memberi prioritas pelayanan kepada anak-anak yatim piatu dan terlantar, setelah itu barulah anak-anak yatim atau piatu maupun anak-anak dari keluarga broken home serta penyandang masalah sosial lainnya (anak dari keluarga retak/miskin/sakit).
Tahun 1972 Perhimpunan Vincentius Jakarta mendirikan rumah panti keempat, yakni Panti Asuhan Pondok Si Boncel di Jalan Raden Saleh Raya No.7. Panti ini khusus menampung anak-anak balita (bawah lima tahun). Pengelolaannya dipercayakan kepada para Suster Dominikanes (OP). Dengan semakin bertambahnya jumlah anak asuh dan terbatasnya daya tampung panti, maka pada tanggal 1 April 1981 Panti Asuhan Pondok Si Boncel pindah ke kompleks baru di Srengseng Sawah Pasar Minggu, yang lebih luas serta memadai.
Berikut nama-nama Ketua Pengurus yang pernah berkarya pada Perhimpunan Vincentius Jakarta:
| Tahun 1955-1958 | : HW. F. Pas |
| Tahun 1958-1971 | : DC. Inkiriwang |
| Tahun 1971-1981 | : Drs. AR. Abdisa |
| Tahun 1981-1983 | : DC. Inkiriwang |
| Tahun 1983-1984 | : Drs. AR. Abdisa |
| Tahun 1984-1992 | : AH. Trisnadi |
| Tahun 1992-2001 | : Ir. PA. Sumardiman |
| Tahun 2001-2008 | : Paulus Tjahjono |
| Tahun 2008-2016 | : Yul Hendarto |
| Tahun 2016-sekarang | : Taufik Hidayat Linggadjaja |
